不動産　税金相談室

居住用財産の3,000万円控除と修正申告【不動産・税金相談室】

2025.07.08

Ｑ　私は、昨年自宅を売却しました。所得を計算したら、居住用財産の3,000万円控除により所得が0円になったため、この部分は特に申告せず、ふるさと納税の寄付金控除のみ申告しました。

ただ、今年になり税務署から連絡があり、自宅の譲渡の申告が漏れているのではないかとのことでした。

話を聞いていくと、税金は約300万円になりそうですが、居住用財産の3,000万円控除を利用すれば所得は出なかったはずなのに、なぜ税金を支払う必要があるのでしょうか。

Ａ　お考えのとおり、本来譲渡所得が0円であれば、申告をする必要はありません。ただ、居住用財産の3,000万円控除の他、特別な規定（控除）を使う場合には、特例適用後の譲渡所得が0円になる場合でも申告が必要になります。

そのため、ご相談者様の場合は、あくまでも居住用財産の3,000万円控除の適用前の所得が0円ではないため、本来申告が必要だったことになります。

さらに、居住用財産の3,000万円控除は、申告をして初めて適用ができるため、今回は適用を受けられない状況になっており、税務署からの指摘のとおり、税金を支払う必要があります。

特に、今回ふるさと納税のために確定申告をされております。
この場合、ご相談者様は、居住用財産の3,000万円控除が利用できるけれども、あえてこの特例を利用しないことを選択して申告をしたものと、考えられてしまいます。

このため、あとから修正申告ないし更正の請求をしても、居住用財産の3,000万円控除の適用は認められません。

おかしな話ではありますが、申告をしていなければ、期限後申告という形で、3,000万円控除を適用することができました。申告をしていないだけであり、特例の適用の有無について納税者がまだ、判断を示していないと、考えるためです。

よって、今回かなり負担が大きくなるかと思いますが、納税が必要となります。譲渡収入から控除できる取得費や譲渡費用の資料を収集し、少しでも納税額を減らせるようにしていただければと思います。

《担当：税理士　青木智美》

メルマガ【実践！相続税対策】登録はコチラ
⇒ https://www.mag2.com/m/0001306693.html